А это надежно, если Handybank в качестве дополнительной защиты присылает смс подтверждение с паролем, который я должен буду ввести потом в комп при оплате чего-либо? Или более надежна в этом случае электронная подпись?

fofo, любой электронный банк должен использовать цифровую подпись. Думаю, что и у Вас она есть – загружена на Ваш телефон и/или компьютер при регистрации в банке. Ещё у Вас должен быть пароль или пин-код, который Вы должны держать в голове и вводить в дополнение к цифровой подписи. Это основная защита.

Любые дополнительные меры защиты всегда полезны, если не добавляют серьезных неудобств.

Короче здесь есть два варианта: пароли, номер карты плюс: или 1)цифровая подпись (это маленький диск, который надо каждый раз вставлять в комп), или 2) смс подтверджение на тел (т.е. еще один пароль присылают на тел, который нужно ввести в комп.) Мне кажется что проще пользоваться смс подтверждением - это мне как юзеру. А вот на счет надежности, что лучше не знаю.

Цифровая подпись надежнее при условии, что никто не сможет выкрасть у вас диск. Да и вероятность потерять диск мне кажется ниже вероятности потерять телефон. Я бы выбрал диск.

Хотя, если сумма денег на счету невелика, то разницей в надежности можно пренебречь.